More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0024 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0024  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0090  tRNA-Asn  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0086  tRNA-Asn  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000469656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0075  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.173249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0046  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t11  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000006616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t36  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.036377  hitchhiker  0.00260797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0076  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515739  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0028  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.505293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1988  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.977755  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60060  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678993  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5180  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.851962  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0027  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.224743  normal  0.75485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0026  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0021  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.503528  normal  0.129544 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23490  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00227157  hitchhiker  0.00614087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60180  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000682049  hitchhiker  0.0000000115444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0004  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.027196  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0025  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0132598  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0174  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0415  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0379576  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna118  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000544354  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0558  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0653  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2173  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.206805  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_002950  PGt44  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.305367 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02962  tRNA-Asn  88.41 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0045  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0394104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  88.57 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  88.57 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0024  tRNA-Asn  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0077208  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0025  tRNA-Asn  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0027  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000466235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0041  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000273116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0028  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0043  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00393457  normal  0.467977 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4248  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000404741  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0407  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000764097  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0408  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000233964  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4247  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000042551  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0042  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000110387  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0044  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000117241  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0043  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000106008  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAsn01  tRNA-Asn  90 
 
 		 80 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000468936 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0032  tRNA-Asn  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.25038  normal  0.151728 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0567  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0023  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0021  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00000256576  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0056  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.192263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0014  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.032449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4249  tRNA-OTHER  86.89 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000107323  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0015  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.424743  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2889  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000182855  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2890  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000200194  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2891  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000194238  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2892  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000182855  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1401  tRNA-OTHER  86.89 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00507485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0039  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000227587  normal  0.0269838 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4246  tRNA-OTHER  86.89 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000794492  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0452  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1563  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1796  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.3013000000000006e-24 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1802  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000154266 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0031  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000781489  hitchhiker  0.000000692381 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0030  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000864029  hitchhiker  0.00000418087 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  88.33 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>