232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Asn-1 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0922112  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0068  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0128725  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0058  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0009  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990057 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0055  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0297718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0010  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.026586  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0009  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000858246  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0004  tRNA-Asn  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0062  tRNA-Asn  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.6212e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0645  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.482524  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0067  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0043  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.362716  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0005  tRNA-Asn  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0012  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00142633  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0013  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0045  tRNA-Asn  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.112138  normal  0.31939 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0048  tRNA-Asn  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0056  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0025  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.161646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0027  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0048  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00987914  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0035  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.365038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0054  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00592499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1829  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.595078  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00351824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0013  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0011  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000022551  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0567  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04000  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000234259  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0039  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.340367  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0033  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0016  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000166672  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0011  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00974618  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1828  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000000733307  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1827  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383141  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0039  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000683779  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0067  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.017802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2933  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000103893  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2934  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000107091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0034  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000927259  normal  0.865314 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000643005  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1694  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655651  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1695  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000039183  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0012  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00139972  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0053  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146858  normal  0.336474 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2877  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000083016  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0041  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.0000000000000766368  normal  0.537941 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0017  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000497879  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0018  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000000318687  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0030  tRNA-Asn  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0056  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0064  tRNA-Asn  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.468559  normal  0.688575 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0015  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0000090416  normal  0.096467 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0015  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00550312  hitchhiker  0.000000644628 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0077  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477509  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0079  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000000505976  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0033  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0034  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000129233  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0031  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000420525  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0032  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000399959  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2876  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00000608308  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0052  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000077031  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0033  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561489  normal  0.861574 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0034  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000816877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000652879 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0034  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225096  normal  0.395781 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0033  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000224831  normal  0.39291 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2816  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000213443  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0029  tRNA-Asn  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0902412  normal  0.0228096 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2504  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000220613  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2505  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000358439  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2777  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000132175  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2778  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136224  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0017  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000360028  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0070  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.213378  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2815  tRNA-Asn  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000000687096  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0001  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.432405  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt01  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt01  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0021  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00000256576  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0016  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106062  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0629  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0007  tRNA-Asn  84.75 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0025  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00179903  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1546  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0002  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.823848  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0023  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.909867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>