267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0054 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0056  tRNA-Asn  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0017  tRNA-Asn  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000360028  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0070  tRNA-Asn  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.213378  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0056  tRNA-Asn  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0016  tRNA-Asn  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000166672  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0011  tRNA-Asn  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00974618  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0022  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.275054  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_714  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0692708  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0043  tRNA-Asn  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00645597  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0051  tRNA-Met  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R35  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0083  tRNA-Asn  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233313  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0042  tRNA-Asn  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000010951  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0090  tRNA-Asn  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0067  tRNA-Met  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268357  normal  0.588554 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0054  tRNA-Asn  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0029  tRNA-Asn  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03520  tRNA-Met  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0013  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00468588  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0033  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0018  tRNA-Lys  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.29875 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t43  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.546364  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0047  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.00000000000251185  normal  0.812325 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0008  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0851483  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t11  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000006616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t36  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.036377  hitchhiker  0.00260797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0021  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.503528  normal  0.129544 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0013  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0038  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0746306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0076  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515739  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0043  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60060  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678993  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna33  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.166736  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0071  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0027  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.224743  normal  0.75485 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5180  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.851962  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1988  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.977755  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0046  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0026  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0028  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.505293 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23490  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00227157  hitchhiker  0.00614087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60180  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000682049  hitchhiker  0.0000000115444 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0043  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.154925  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0004  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0075  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.173249  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1546  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0629  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0012  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5713  tRNA-Asx  87.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.423008  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Asn-3  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210589  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Asn-5  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00125687  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000687099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-3  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000262097  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Asn-4  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.449639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000881117  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0027  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000161448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Asn-4  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000965695  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Asn-5  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0078  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0039  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000227587  normal  0.0269838 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0031  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000375909  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>