More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0009 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  92.42 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0052  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.040302  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0060  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0060  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398642  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  94.64 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000645959  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  94.64 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0012  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.200559 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0073  tRNA-Lys  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0073  tRNA-Lys  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_778  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.205376  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0013  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0004  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0011  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000344573  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0011  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000213973  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.027196  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0025  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0132598  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0174  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0415  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0379576  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t36  tRNA-Lys  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0034  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00019  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000148305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00020  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000893076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0031  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000115429  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0054  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0056  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000193092  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0069  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000622929  normal  0.276829 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0770  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5024  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000192703  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0814  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000653999  normal  0.868526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0817  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000862266  normal  0.885127 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2783  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.45376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0073  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623521  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0036  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000584737  hitchhiker  0.00132337 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0068  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000208772  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2557  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000373976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0771  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000162037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0666  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000300232  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0583  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.0474e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0772  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0667  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201635  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0816  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000928863  normal  0.881933 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4659  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.951839999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4657  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.396889999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00376  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00467  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06830  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>