More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6048 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  98.25 
 
 
76 bp  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  92.86 
 
 
78 bp  99.6  9e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  93.94 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  92.86 
 
 
78 bp  99.6  9e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00015  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000191141  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00019  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000148305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00020  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000893076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0031  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000115429  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0054  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0056  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000193092  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0848  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000163813  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0819  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00259722  normal  0.860753 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0912  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000796391  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0787  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000114753  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0850  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000232917  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0666  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000300232  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4659  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.951839999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1118t  tRNA-Lys  93.75 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0096156  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0814  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000653999  normal  0.868526 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0850  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000147558  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0851  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000156782  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0878  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  0.655098 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0881  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000114507  normal  0.568904 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0880  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000131793  normal  0.645347 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2611  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000669523  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2677  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000682984  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4657  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.396889999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0913  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000921732  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0914  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00299475  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0770  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0847  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000390695  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2562  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000496401  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06830  tRNA-Lys  93.75 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00251  tRNA-Lys  93.75 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4661  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000171362  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2783  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000664691  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3081t  tRNA-Lys  93.75 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000675432  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0068  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000208772  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3189t  tRNA-Lys  93.75 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0401929  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3087t  tRNA-Lys  93.75 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00291749  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0846  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000774084  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0817  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000862266  normal  0.885127 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0004  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0772  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175235  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0069  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000622929  normal  0.276829 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2783  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.45376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0458  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0790  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000513232  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2653  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000100151  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0036  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000584737  hitchhiker  0.00132337 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5024  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000192703  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00376  tRNA-Lys  93.75 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00467  tRNA-Lys  93.75 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5022  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000229653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0583  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.0474e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4684  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.3682299999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0771  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000162037  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0791  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000523081  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0768  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000959618  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0667  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201635  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4655  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  8.59319e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0818  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0005423  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2557  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000373976  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0882  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000105642  normal  0.563094 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  93.75 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0816  tRNA-Lys  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000928863  normal  0.881933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>