More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0002 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0035  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0036  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0360191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0037  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00809358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0038  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0168892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0039  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0153762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0044  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00224472  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0082  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000538289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0005  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000194874  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0066  tRNA-Lys  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00163637  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0033  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.177696  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0072  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18023  normal  0.42489 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0048  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0048  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.780393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0019  tRNA-Lys  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00557202  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0032  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000262345  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0084  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00872406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0029  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0036  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0043  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465009  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0320395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0010  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0059  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000645959  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0073  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0060  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0060  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398642  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0030  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.407731  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0033  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0016  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0073  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0055  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.429653  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0052  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0125474  normal  0.521924 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26570  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000438766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0027  tRNA-Asn  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000466235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0041  tRNA-Asn  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000273116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0031  tRNA-Asn  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000781489  hitchhiker  0.000000692381 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0028  tRNA-Asn  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0043  tRNA-Asn  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00393457  normal  0.467977 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0030  tRNA-Asn  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000864029  hitchhiker  0.00000418087 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4659  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.951839999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4684  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.3682299999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4661  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000171362  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4657  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.396889999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4655  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  8.59319e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1660  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0771  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000162037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0772  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0004  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0073  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623521  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0770  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>