More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0020 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0009  tRNA-Lys  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.66226  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0050  tRNA-Lys  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0047  tRNA-Lys  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.787632  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0035  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0379309  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0036  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0360191  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0037  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00809358  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0038  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0168892  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0039  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0153762  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00015  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000191141  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00019  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000148305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00020  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000893076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0031  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000115429  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0054  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0056  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000193092  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0667  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201635  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0910  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000110195  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0882  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000105642  normal  0.563094 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0771  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000162037  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0583  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.0474e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna43  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0817  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000862266  normal  0.885127 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0816  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000928863  normal  0.881933 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2783  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.45376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0814  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000653999  normal  0.868526 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0062  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000112705  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0878  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  0.655098 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2611  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000669523  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0069  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000622929  normal  0.276829 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0060  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0061  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000126169  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0058  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000626368  normal  0.708619 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0045  tRNA-Lys  91.07 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0772  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175235  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0073  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623521  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0023  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483776  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0084  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0028  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.252737  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0022  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0195324  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0819  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00259722  normal  0.860753 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4655  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  8.59319e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0818  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0005423  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0912  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000796391  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4659  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.951839999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4684  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.3682299999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5022  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000229653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4661  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000171362  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4657  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.396889999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0913  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000921732  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0036  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000584737  hitchhiker  0.00132337 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0057  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000607595  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5024  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000192703  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0060  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000123741  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0881  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000114507  normal  0.568904 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0059  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000522849  normal  0.720074 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0068  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000208772  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0045  tRNA-Lys  91.07 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.499145 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0768  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000959618  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0064  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000484105  normal  0.405062 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0039  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal  0.700265 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0770  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0025  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.469225  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2677  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000682984  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0048  tRNA-Lys  94.23 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2557  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000373976  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0787  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000114753  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0060  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.845098  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0914  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00299475  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2046  tRNA-Lys  87.5 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000370287  hitchhiker  0.00336958 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0065  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.448477  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0030  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.692876  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0073  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0006  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>