More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0022 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0045  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0427355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  94.64 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0004  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0024  tRNA-Asn  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0028  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501499  normal  0.229543 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0026  tRNA-Lys  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000388812  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02962  tRNA-Asn  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna118  tRNA-Asn  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000544354  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0042  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000110387  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0033  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.177696  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0044  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000117241  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0043  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000106008  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0032  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000262345  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00074  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000415552  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0094  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168631  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4717  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.16021e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna100  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000040947  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna103  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000044405  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4473  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000034435  hitchhiker  0.00000000000000876352 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2719  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000211587  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5100  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5033  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.631552  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0109  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000358604  hitchhiker  0.0022661 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03598  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2869  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000115507  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4505  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000183891  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0084  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00872406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00237  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2867  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000032371  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3120t  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000534878  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4548  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000034857  hitchhiker  0.00000000000110779 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr02  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0005  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000149688  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0052  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.040302  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1179  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960939  hitchhiker  0.000000000000835142 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0029  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4424  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000165207  hitchhiker  0.0000465726 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna096  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000631755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0005  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00198851  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna048  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000703931  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna094  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000050133  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0072  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742395  normal  0.95428 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4351  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000576988  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4470  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000595919 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4383  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03595  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3123t  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000529436  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3208t  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11031  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3193t  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0908668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5441  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000104819  hitchhiker  0.00042936 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1108t  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.121415  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0003  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000427431  normal  0.385023 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03606  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03604  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>