299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0035 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0065  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0069  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.989789  normal  0.0574116 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0030  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04002  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000208325  normal  0.100759 
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0140  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0028  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000473663  hitchhiker  0.000687264 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2342  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108735  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0073  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.576385  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0076  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000822229  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0034  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.139081 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0020  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0148  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530718  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0039  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0012  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0061328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0013  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0641793  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0076  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41661  normal  0.163514 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0338  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12303  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0002  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.099087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0083  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.456541  normal  0.8786 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2817  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510108  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0010  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00296143  hitchhiker  0.00854354 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0010  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0120  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0040  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0017  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143613  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0071  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0421157  hitchhiker  0.003467 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2266  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.279607  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0017  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000270775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0018  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000139962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0033  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0050  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00633493  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0076  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.373863  normal  0.566101 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0013  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00193967  normal  0.0198521 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0026  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0015  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0051  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.022056 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0040  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0028  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501499  normal  0.229543 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0009  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0014  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.647386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0084  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0001  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0487853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  87.69 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24780  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190914  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0049  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.858771  hitchhiker  0.000592487 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0039  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000227587  normal  0.0269838 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0053  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0028  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0032  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000262345  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0030  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.407731  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0033  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.177696  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0004  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.912706  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0029  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>