More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0004 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0700  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t029  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00426722  normal  0.039681 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0011  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000345873  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t02  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246638  hitchhiker  0.000119939 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R8  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023394  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0006  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000177613  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0358  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.187515  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0092  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000386697  hitchhiker  0.0000000672962 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60630  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831176  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0053  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.404904  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>