136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0045 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0045  tRNA-Lys  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0427355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0025  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.728693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0031  tRNA-Asn  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0017  tRNA-Asn  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R08  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0196539  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4329  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0042  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0018  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.780391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0043  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0503955 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0053  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.404904  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4299  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0017  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.674136 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0090  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.28119  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0018  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.224402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0028  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.227518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0026  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0032  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0046  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6038  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000000594197  hitchhiker  0.00000000000000771476 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0023  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0236487  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0026  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0144424  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0031  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0034  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0039  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0042  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0035  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0038  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.944323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0011  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.312587  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0014  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.247268  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  85.94 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2221  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2267  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0500335  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna28  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.751931  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5653  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000242267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5690  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000772108  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-6  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000899771  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000316756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0084  tRNA-Lys  84 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00872406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0856  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5654  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664356  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0194  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000250761  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5635  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.112483  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>