299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4329 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_4329  tRNA-Lys  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0042  tRNA-Lys  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0043  tRNA-Lys  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0503955 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0017  tRNA-Lys  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.674136 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0010  tRNA-Lys  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00461477  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0037  tRNA-Lys  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  90 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  94.23 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  94.23 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  94.23 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0030  tRNA-Lys  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.981752  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  95.24 
 
 
72 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  95.24 
 
 
72 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  91.84 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0196539  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0001  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.46268e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0053  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.404904  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  92.31 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0046  tRNA-Thr  90.38 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871205  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24780  tRNA-Lys  90.38 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190914  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  92.31 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0003  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.8235300000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  90.2 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0015  tRNA-Lys  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  87.14 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  87.14 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  90.57 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  90.57 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0055  tRNA-Asn  88.46 
 
 
75 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0338402  normal  0.0404026 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  89.29 
 
 
73 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0051  tRNA-Lys  92.31 
 
 
75 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.106867  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  92.31 
 
 
74 bp  54  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  86.44 
 
 
76 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0045  tRNA-Lys  88.24 
 
 
75 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0427355  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0040  tRNA-Thr  89.13 
 
 
72 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0802458 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0023  tRNA-Lys  88 
 
 
75 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000728017  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0024  tRNA-Lys  88 
 
 
75 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000367183  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0025  tRNA-Lys  88 
 
 
75 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000379634  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0007  tRNA-Thr  89.13 
 
 
72 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  87.93 
 
 
73 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0018  tRNA-Lys  94.12 
 
 
75 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.780391  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>