More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna28 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna28  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.751931  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0072  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18023  normal  0.42489 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  90.28 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0032  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000262345  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0060  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000123741  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0062  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000112705  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0059  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000522849  normal  0.720074 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0064  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000484105  normal  0.405062 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0033  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0061  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000126169  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0033  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.177696  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0042  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000110387  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0004  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21987  normal  0.244967 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0043  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000106008  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0044  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000117241  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0035  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0036  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0360191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0037  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00809358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0038  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0168892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0039  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0153762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0032  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0058  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000626368  normal  0.708619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0057  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000607595  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0029  tRNA-Lys  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0030  tRNA-Lys  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.407731  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0130  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000587848  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0048  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000292562  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0137  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000469646  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0134  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000272379  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0045  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000121203  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0131  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000583182  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0129  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0035  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000175048  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t055  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t056  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t058  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t059  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t061  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t062  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0032  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000114848  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0030  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000178627  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0049  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000179433  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0050  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934403  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0051  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000803834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0052  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000072516  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0053  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000893236  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0054  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651071  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0047  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000310964  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0107  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000698154  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0108  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000827722  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0109  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000069936  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0110  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000341458  normal  0.142626 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0111  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.144334 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0112  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.144334 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0113  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0107  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00061714  normal  0.366999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0108  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000148558  normal  0.368852 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0109  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000145947  normal  0.372291 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0110  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000275049  normal  0.380148 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0111  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000310231  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0112  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000279278  normal  0.38206 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0113  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000217944  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0133  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000140941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0132  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0138  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000048306  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0136  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000452408  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0135  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000279455  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0104  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000434862  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0105  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000121754  normal  0.0191559 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0106  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000745947  normal  0.0185833 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0107  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000134786  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0080  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000136157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0082  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000158671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0083  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000154707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0084  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000130552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0085  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000201429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0086  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000000910147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0033  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000129521  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0056  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234634  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0031  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000137565  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0055  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000238115  normal  0.540083 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0031  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000370273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0032  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000864577  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0034  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000104343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0035  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000579305  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0037  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000625887  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0038  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000589409  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0039  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000604757  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0054  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000247004  normal  0.542082 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0050  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000187157  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0051  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000189133  normal  0.357314 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0052  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000421031  normal  0.358949 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0053  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000170712  normal  0.532775 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>