123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0017 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0031  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0017  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0015  tRNA-Asn  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00550312  hitchhiker  0.000000644628 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0007  tRNA-Asn  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0003  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000643005  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000652879 
 
 
-
 
NC_003295  RS04000  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000234259  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000000733307  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0039  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000683779  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0067  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.017802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2933  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000103893  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2934  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000107091  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1694  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655651  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1695  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000039183  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0041  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.0000000000000766368  normal  0.537941 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0017  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000497879  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0018  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000000318687  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0033  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0034  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000129233  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0031  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000420525  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0032  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000399959  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2504  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000220613  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2505  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000358439  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2777  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000132175  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2778  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136224  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2815  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000000687096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2816  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000213443  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2876  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00000608308  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2877  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000083016  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1827  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383141  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1828  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0052  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000077031  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0053  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146858  normal  0.336474 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0033  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561489  normal  0.861574 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0034  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000927259  normal  0.865314 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0033  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0034  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000816877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0033  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000224831  normal  0.39291 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0034  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225096  normal  0.395781 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0012  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00139972  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0015  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0000090416  normal  0.096467 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0039  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.340367  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0039  tRNA-Asn  85.92 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268211  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0045  tRNA-Lys  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0427355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0027  tRNA-Asn  85.92 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.103485  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0036  tRNA-Lys  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0018  tRNA-Lys  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.780391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0041  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0042  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0036  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0058  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0204591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t36  tRNA-Lys  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0024  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0044  tRNA-Asn  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.975167 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0053  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0280094  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0075  tRNA-Asn  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000782806  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0028  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.241758  hitchhiker  0.000295694 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0012  tRNA-Asn  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00142633  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0013  tRNA-Asn  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0010  tRNA-Asn  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00716617  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0025  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.728693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0084  tRNA-Asn  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000101082  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0057  tRNA-Asn  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000258126  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0042  tRNA-Asn  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000213291  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0061  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0013  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0045  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0048  tRNA-Asn  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00987914  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt01  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt01  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0058  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000161243  normal  0.35432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0059  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000863176  normal  0.357197 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0039  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.480095  normal  0.241646 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0040  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.345644  normal  0.239692 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0049  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0031  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0040  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000158111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0041  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000136051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0040  tRNA-Asn  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.471786  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0020  tRNA-Asn  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0008  tRNA-Asn  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0021  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0046  tRNA-Asn  83.1 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000438638  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0023  tRNA-Asn  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104311  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0028  tRNA-Asn  87.23 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0081  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0025  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.161646  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>