36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0028 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0028  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.241758  hitchhiker  0.000295694 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0031  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0017  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0081  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0021  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0067  tRNA-Asn  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0043  tRNA-Asn  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.362716  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0048  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0014  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0054  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0015  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00550312  hitchhiker  0.000000644628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  87.23 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  87.23 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0039  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092174  hitchhiker  0.00180785 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0029  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0127801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568068  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0335468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.343772 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>