164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0036 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0036  tRNA-Lys  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0018  tRNA-Lys  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.780391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  92.65 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0051  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.106867  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  89.19 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  89.71 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  89.71 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  89.71 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0050  tRNA-Lys  88 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08480  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0822339  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0017  tRNA-Lys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.303738  normal  0.0470778 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0056  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0015  tRNA-Asn  97.06 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00550312  hitchhiker  0.000000644628 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0031  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0017  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0036  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0021  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0163136  normal  0.708975 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0029  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000384489  normal  0.924155 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0052  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000241961  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0012  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017213  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0046  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0023  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.35633 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0034  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0061  tRNA-Lys  85.07 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0033  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0037  tRNA-Lys  89.8 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000966044  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0037  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0027  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0021  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0042  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000336952  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>