More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_R0077 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0045  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0394104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 		 84 bp  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  96.49 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0021  tRNA-Ser  97.96 
 
 		 71 bp  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356403  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0066  tRNA-Lys  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000415256  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0031  tRNA-Ser  93.88 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.653188 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0035  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0001  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.46268e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0003  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.8235300000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0453  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000219585  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0047  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157742  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0013  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna43  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0060  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0060  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.845098  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0012  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00142633  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0060  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398642  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0022  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0195324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0073  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>