More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_R0012 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  93.85 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  93.85 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0407  tRNA-Asn  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000764097  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0408  tRNA-Asn  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000233964  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0035  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0047  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157742  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna43  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0022  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0195324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0052  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0048  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.780393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2046  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000370287  hitchhiker  0.00336958 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0045  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.315592  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0060  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.845098  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0060  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0028  tRNA-Lys  87.69 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0193  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0023  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.051511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0020  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04002  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000208325  normal  0.100759 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0338  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0083  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.456541  normal  0.8786 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0120  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0017  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000270775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0018  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000139962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0010  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00296143  hitchhiker  0.00854354 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0050  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00633493  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0002  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.099087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2266  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.279607  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0140  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0148  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530718  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2342  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108735  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0076  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.373863  normal  0.566101 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>