More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0006 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0062  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0013  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00152659  hitchhiker  0.00055755 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0049  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0802458 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0046  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0012  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000000000302559  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0055  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0074  tRNA-Thr  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0075  tRNA-Thr  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>