More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0016 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  98.31 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  98.04 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  98.04 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  98.04 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0003  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.8235300000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0045  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0394104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0033  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 84 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5018  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00214823  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000645959  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000772108  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.30826e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000712241  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0194  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000250761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0856  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000045502  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0060  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0073  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0060  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398642  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0073  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0048  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000535943  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0096  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000250387  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>