More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0029 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  98.21 
 
 
76 bp  103  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  98.21 
 
 
73 bp  103  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  98.21 
 
 
78 bp  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  98.08 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  98.08 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    98.08 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  98.08 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  98.08 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  98.04 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  98.04 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  96.23 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  96.23 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  96.23 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  96.23 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  96.23 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  96.23 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  96.15 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  92.19 
 
 
78 bp  87.7  3e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  96.15 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  97.67 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  97.67 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  94.44 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  94.44 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  94.34 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  94.34 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  94.34 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  91.23 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0042  tRNA-Lys  94.23 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0043  tRNA-Lys  94.23 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0503955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  94.23 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4329  tRNA-Lys  94.23 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  94.23 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  94.23 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0017  tRNA-Lys  92.86 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.674136 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  93.62 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0001  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.46268e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0047  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157742  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0035  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0045  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.315592  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0023  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.051511  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  86.3 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0052  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  90.57 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  95.12 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  95.12 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  92.45 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0045  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0394104  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  90.57 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  97.3 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>