299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0001 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0035  tRNA-Lys  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.941173 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0024  tRNA-Lys  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.330999  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0025  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0021  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000445205  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0019  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000484995  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0037  tRNA-Lys  89.04 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000966044  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  95.45 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0062  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.209249  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0044  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0037  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000296875  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  95.45 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0012  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0027  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.789161  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0030  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0471674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0039  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0013  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.882004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0050  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0084  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0036  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000584737  hitchhiker  0.00132337 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0073  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623521  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0770  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0042  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00104158  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>