190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_R0012 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_R0012  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017213  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0052  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000241961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0196539  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0053  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.404904  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0003  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.8235300000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0042  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00104158  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0453  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000219585  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0037  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0001  tRNA-Lys  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.46268e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0017  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.674136 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0049  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000660852  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0036  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0021  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0037  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000296875  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0039  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.163516  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0024  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.330999  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0452  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1563  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1796  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.3013000000000006e-24 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1802  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000154266 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0012  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0014  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000102189  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0005  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000194874  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4329  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0407  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000764097  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0408  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000233964  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0597  tRNA-Lys  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0600  tRNA-Lys  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.212057  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0044  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00224472  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0042  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0043  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0503955 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0023  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000017569  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0084  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00872406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0056  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0043  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0093  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.8722200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0043  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.154925  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0027  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0211133  hitchhiker  0.000000873105 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>