More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0046 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000384489  normal  0.924155 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0046  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0027  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0211133  hitchhiker  0.000000873105 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0050  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.016026  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0048  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000334788 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0050  tRNA-Lys  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.489322  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_722  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0023  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.299591  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37540  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0863573  normal  0.917187 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0056  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.240873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0078  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0052  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00451964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0017  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.303738  normal  0.0470778 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0060  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0060  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.845098  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0051  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.106867  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna43  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0022  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0195324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0047  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157742  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0045  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.315592  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0035  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2046  tRNA-Lys  95 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000370287  hitchhiker  0.00336958 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0052  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  95 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0023  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.051511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0016  tRNA-Lys  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0023  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0024  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0024  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0025  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0045  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00000955688  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0005  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0042  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000326877  unclonable  0.000000000331306 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0043  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000129549  unclonable  0.000000000302545 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0004  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0763324 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0048  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0009  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.66226  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2736  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000214586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0065  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124878  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0458  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1400  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00524928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1402  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0348268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4659  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.951839999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4661  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000171362  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4684  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.3682299999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>