More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0029 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0051  tRNA-Lys  95 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.106867  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  90.77 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t36  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000584403  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000409146  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0061  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0045  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0061  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0045  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000231874  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4988  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0793  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.44632e-33 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0019  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0246771  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0213  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000777909  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228312  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4563  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000215679  normal  0.0839515 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5804  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00774483  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5740  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00013213  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4770  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000025693  hitchhiker  6.21743e-16 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0112  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00195399  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5033  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556895  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5634  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0142  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000202791  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0128  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.601101  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0868  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7224099999999997e-31 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5713  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000838851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5818  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000508092  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0096  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000101667  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0081  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000716294  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5002  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0050  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0025  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0039  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08480  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0822339  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0030  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0471674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0023  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0018  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.780391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0027  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.789161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>