273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0028 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  98.67 
 
 		 76 bp  141  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  98.59 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  94.03 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0021  tRNA-Lys  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0163136  normal  0.708975 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0056  tRNA-Lys  92.75 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  96.23 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  97.78 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0020  tRNA-Lys  89.33 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.482311  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0051  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.106867  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0034  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0029  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000384489  normal  0.924155 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0046  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0050  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0036  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08480  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0822339  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0059  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0056  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0016  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0035  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.941173 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0044  tRNA-Lys  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0027  tRNA-Lys  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.789161  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0028  tRNA-Lys  90 
 
 		 80 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.572001  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0025  tRNA-Lys  90 
 
 		 80 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0025  tRNA-Lys  90 
 
 		 80 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>