170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0059 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0059  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0061  tRNA-Lys  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0055  tRNA-Lys  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0047  tRNA-Lys  95.59 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.500835  normal  0.0267795 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0012  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0016  tRNA-Lys  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0054  tRNA-Lys  98.04 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0052  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00451964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33730  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37540  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0863573  normal  0.917187 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0056  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.240873  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01680  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0033  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.773389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0078  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0021  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0163136  normal  0.708975 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0104  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0062  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.100557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0063  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.109202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0001  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0002  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0010  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0550905 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0033  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06840  tRNA-Lys  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0050  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0056  tRNA-Lys  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0004  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569019  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1370  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598749  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1660  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0010  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00461477  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0082  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000538289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0521  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0062  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.209249  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0011  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0061  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24780  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190914  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0048  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0064  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0084  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0067  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0804329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0053  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000949911  hitchhiker  0.00166028 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0078  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0050  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0043  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465009  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0320395 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>