103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0064 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0064  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0056  tRNA-Lys  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  97.92 
 
 		 1971 bp  87.7  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0017  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.530657  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0042  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0276832  normal  0.778358 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0040  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.560238 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0040  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0924427  normal  0.0110703 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0020  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.387478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0042  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699754 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0042  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0056  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167175  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0018  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.340441  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0022  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0061  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0078  tRNA-Lys  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0050  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0007  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0060  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.260186  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0021  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0018  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857849  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0017  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.808131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0016  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0050  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0059  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0020  tRNA-Lys  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.482311  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0056  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.240873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37540  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0863573  normal  0.917187 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0057  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000607595  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0058  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000626368  normal  0.708619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0059  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000522849  normal  0.720074 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0060  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000123741  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0061  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000126169  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0062  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000112705  normal  0.545219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0064  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000484105  normal  0.405062 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0017  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.303738  normal  0.0470778 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0021  tRNA-Lys  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0163136  normal  0.708975 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1734  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1735  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186999  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1736  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336069  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1737  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319153  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1738  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.847044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1739  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.829671  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  83.58 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  83.58 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0020  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  83.58 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  83.58 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0032  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.275296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  83.58 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0009  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.66226  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11930  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0127142  normal  0.206625 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0012  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.489322  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0032  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.260043  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0058  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0029  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0716231  normal  0.649346 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0033  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179763  normal  0.590864 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0029  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0023  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.299591  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0038  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.63633e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0024  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.330999  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1190  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.370145  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0023  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0056  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0052  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00451964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0030  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13840  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.305129  normal  0.453379 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>