163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0007 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0051  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.502302 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0044  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00954192  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0042  tRNA-Asn  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0007  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0056  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0018  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.340441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0056  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167175  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0017  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.530657  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0042  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0276832  normal  0.778358 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0020  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.387478  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0022  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0040  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0924427  normal  0.0110703 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0007  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0032  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.386226  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0017  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0064  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0033  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.190233  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0021  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0018  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857849  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0017  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.808131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0040  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.560238 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0042  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699754 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0078  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0057  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 67 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2437  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2439  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2442  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2941  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.161896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2147  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2149  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2152  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2624  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0114532  normal  0.0453152 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00090  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5713  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000838851  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000409146  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0045  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0061  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000231874  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0045  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0061  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4770  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000025693  hitchhiker  6.21743e-16 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5740  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00013213  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7224099999999997e-31 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>