263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0007 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0032  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.386226  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2437  tRNA-Thr  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2439  tRNA-Thr  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2442  tRNA-Thr  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2941  tRNA-Thr  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.161896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2147  tRNA-Thr  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2149  tRNA-Thr  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2152  tRNA-Thr  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2624  tRNA-Thr  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  95 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146124  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0030  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0007  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478027  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0014  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0007  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0142  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000202791  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0019  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0246771  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0025  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000025626  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000810946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228312  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5804  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00774483  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5033  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556895  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791725  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5002  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0213  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000777909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0096  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5818  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000508092  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5634  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0868  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000584403  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 79 bp  54  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 79 bp  54  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0029  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553385  normal  0.425342 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0045  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000231874  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000101667  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>