More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_R0050 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t029  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00426722  normal  0.039681 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0061  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000697471  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>