More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna7 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  98.61 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  98.61 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  97.3 
 
 		 78 bp  131  3e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  95.95 
 
 		 78 bp  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  95.83 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  97.06 
 
 		 73 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  97.06 
 
 		 73 bp  119  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  95.65 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  95.65 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  94.2 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  94.2 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  94.2 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  93.65 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08670  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000627266  hitchhiker  0.0000000142101 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  94.64 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  92.19 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0021  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0019  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0016  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0666862  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14008  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.030718 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0012  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381785 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  89.33 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  89.33 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>