86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0040 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_R0042  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699754 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0040  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.560238 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0017  tRNA-Asn  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.530657  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0056  tRNA-Asn  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167175  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0018  tRNA-Asn  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857849  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0017  tRNA-Asn  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.808131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0040  tRNA-Asn  98.25 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0924427  normal  0.0110703 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0018  tRNA-Asn  98.25 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.340441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0042  tRNA-Asn  95.16 
 
 		 73 bp  99.6  8e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0276832  normal  0.778358 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0020  tRNA-Asn  95.16 
 
 		 73 bp  99.6  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.387478  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0022  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0042  tRNA-Asn  96.36 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11930  tRNA-Asn  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0127142  normal  0.206625 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0021  tRNA-Asn  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0030  tRNA-Asn  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0031  tRNA-Asn  89.86 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.167609  hitchhiker  0.00292997 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0019  tRNA-Asn  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.615081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0027  tRNA-Asn  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.742909  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0078  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0056  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0020  tRNA-Asn  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0033  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179763  normal  0.590864 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0029  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0716231  normal  0.649346 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0032  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.275296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13840  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.305129  normal  0.453379 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0032  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.260043  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0029  tRNA-Asn  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0064  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0038  tRNA-Asn  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0018  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.723624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  94.44 
 
 		 1971 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0030  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0007  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0027  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0226012  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0021  tRNA-Asn  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1190  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.370145  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0019  tRNA-Asn  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0038  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.63633e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0010  tRNA-Asn  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0056  tRNA-Asn  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0011  tRNA-Asn  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.36604 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14025  tRNA-Asn  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0075  tRNA-Asn  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0888868  normal  0.929022 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0048  tRNA-Asn  84.13 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0021  tRNA-OTHER  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0370611 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0033  tRNA-Asn  84.13 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt02  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00232285  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0060  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.260186  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0075  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000782806  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0055  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0338402  normal  0.0404026 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0023  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249059  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0031  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.61738  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0010  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00716617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0041  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000401156  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0024  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.811183  normal  0.137661 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0042  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14020  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0048  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.667802  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>