299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0011 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01015  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00245  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna037  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2454  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna152  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.696171  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03610  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3214t  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1114t  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143178  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3141t  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.57879  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0004  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000305052  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0078  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0021  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0163136  normal  0.708975 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>