77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_rna037 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2454  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna037  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna152  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.696171  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00245  tRNA-Trp  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01015  tRNA-Trp  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3214t  tRNA-Trp  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1114t  tRNA-Trp  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143178  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3141t  tRNA-Trp  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.57879  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0004  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000305052  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0016  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000083767  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1116  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.493252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4779  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0029  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.263446 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0029  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0033  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0301909  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0034  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000403563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0110  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0016  tRNA-Trp  100 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000948806  normal  0.0320908 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0010  tRNA-Phe  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0264  tRNA-Phe  87.23 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00100178  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tTrp01  tRNA-Trp  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t03  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.485115  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0043  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.57647 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>