131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0004 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0004  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000305052  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0016  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000083767  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2454  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna037  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna152  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.696171  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00245  tRNA-Trp  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01015  tRNA-Trp  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3141t  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.57879  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3214t  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1114t  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143178  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.208589  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1720  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000880409  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1463  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000838857  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1670  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00343188  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0044  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.910228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0064  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000899944 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0027  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0442  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00029121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1323  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000340383  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0011  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0014  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336426  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0029  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0055  tRNA-Trp  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00911957  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2190  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0146062  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2234  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0218563  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0487653  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0032  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000152725  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0008  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769382 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0011  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.053927 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0013  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0042  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0021  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000328782  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0029  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.263446 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0065  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000604165  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0059  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000193701  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0042  tRNA-Trp  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101752  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>