219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeSA_A4107 on replicon NC_011094
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 79 bp  135  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0159  tRNA-Trp  94.67 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0028  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.718999  normal  0.480249 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0032  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000152725  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  96 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  90.77 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1116  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.493252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4779  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0023  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112621  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0044  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000172694  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0064  tRNA-Trp  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000899944 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0027  tRNA-Trp  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07729  tRNA-Trp  92 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna037  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0004  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000305052  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna152  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.696171  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2454  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0011  tRNA-Trp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0014  tRNA-Trp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336426  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt08  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0016  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000083767  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01015  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0048  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.798887  normal  0.165009 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00245  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0033  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0301909  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0042  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>