161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0028 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0028  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.730182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03610  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0016  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0666862  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0012  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381785 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14008  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.030718 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0019  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0078  tRNA-Trp  90.14 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0056  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17320  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0018  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.954485  decreased coverage  0.00256285 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29900  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0017  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24010  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.234408  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0028  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00207734  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0045  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134628  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0011  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000243193  normal  0.203474 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0050  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0021  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0005  tRNA-Trp  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0025  tRNA-Lys  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0035  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.941173 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>