255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_R0016 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_R0016  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0666862  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14008  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.030718 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0012  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381785 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0019  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03610  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0023  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112621  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0044  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000172694  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0022  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.362458  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29900  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17320  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0056  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0018  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.954485  decreased coverage  0.00256285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0028  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.730182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0078  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24010  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.234408  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0017  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0048  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000330801  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0045  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134628  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0005  tRNA-Trp  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0002  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.616662  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0035  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.640819  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>