206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_R0028 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_R0028  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00207734  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0045  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134628  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0021  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0110  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0033  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0301909  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0053  tRNA-Trp  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0372642  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0129  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121569  hitchhiker  0.00785763 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1116  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.493252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4779  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0029  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0135  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000519252 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>