174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0055 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0045  tRNA-Trp  98.55 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134628  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0010  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000948194  hitchhiker  0.0000000000358204 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0010  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000288959  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0021  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619868  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0028  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00207734  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>