270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_R0052 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14008  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.030718 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0019  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0012  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381785 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0016  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0666862  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03610  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0022  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.362458  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0005  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17320  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0018  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.954485  decreased coverage  0.00256285 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0056  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29900  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  97.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0028  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.730182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  97.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0017  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24010  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.234408  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0078  tRNA-Trp  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  92 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0035  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.640819  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>