224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0017 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0016  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0666862  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  96.23 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0019  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0012  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381785 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14008  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.030718 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  94.64 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0032  tRNA-Trp  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000152725  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0005  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0048  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.798887  normal  0.165009 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0018  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.954485  decreased coverage  0.00256285 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0056  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29900  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17320  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0022  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.362458  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0044  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000172694  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0023  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112621  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0017  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24010  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.234408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0015  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.256719  normal  0.0109238 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0685  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000025208  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03610  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0068  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0035  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.640819  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  90 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>