279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0053 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  95.59 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  95.52 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  95.52 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  95.45 
 
 		 76 bp  107  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 78 bp  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 78 bp  103  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0021  tRNA-Trp  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  92.06 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  90.77 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0052  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0063  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0028  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00207734  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>