136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_R0110 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_R0110  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0033  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0301909  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0135  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000519252 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0129  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121569  hitchhiker  0.00785763 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1116  tRNA-Trp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.493252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4779  tRNA-Trp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0029  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0028  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00207734  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0159  tRNA-Trp  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt029  tRNA-Sec  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0658058  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt028  tRNA-Trp  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.145529  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0067  tRNA-Trp  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0018  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.954485  decreased coverage  0.00256285 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna152  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.696171  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29900  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17320  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0056  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2454  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna037  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>