More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0031 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt029  tRNA-Sec  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0658058  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0645  tRNA-Sec  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt08  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35030  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.838574  normal  0.836072 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt028  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.145529  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0129  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121569  hitchhiker  0.00785763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0135  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000519252 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>