294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0050 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  93.24 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0048  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.798887  normal  0.165009 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  96.23 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0015  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.256719  normal  0.0109238 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  96.23 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  91.04 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  97.78 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  97.78 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  90.14 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    100 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>