182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_R0048 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_R0048  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.798887  normal  0.165009 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  98.63 
 
 		 76 bp  137  4e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0044  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0169442  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0015  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.256719  normal  0.0109238 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  95.08 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1404  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000898104 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24010  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.234408  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0056  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17320  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  91.8 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29900  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0018  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.954485  decreased coverage  0.00256285 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0017  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  95 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  95 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0005  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0011  tRNA-Trp  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0014  tRNA-Trp  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336426  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0032  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000152725  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 79 bp  54  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0013  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>