250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0017 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  94.87 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  94.87 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  94.87 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  94.87 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  94.87 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  91.03 
 
 		 76 bp  93.7  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  97.92 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  97.87 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  97.83 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  97.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  97.78 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0064  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000899944 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0027  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  88.46 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  88.46 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0015  tRNA-Trp  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.256719  normal  0.0109238 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0014  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336426  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0011  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  95.45 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    87.18 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  87.18 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  87.18 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  87.18 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  87.18 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  87.18 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  87.84 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0487653  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0008  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769382 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0042  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0044  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.910228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0013  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0048  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.798887  normal  0.165009 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>