250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_R0029 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0032  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000152725  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  87.18 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  87.18 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0042  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101752  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0361577  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24010  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.234408  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0017  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0159  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0044  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000172694  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>